La courantologie générale interne au Port Yasmine Hammamet est organisée pour qu'il ne subsiste aucune zone d'eau stagnante.

Le Port Yasmine Hammamet est ainsi le premier port de Méditerranée à être équipé de manière aussi complète et aussi efficace au titre de l'assainissement général du plan d'eau, permettant d'offrir, en permanence aux usagers une très bonne qualité des eaux des bassins portuaires et du canal.

La circulation et le renouvellement des eaux dans les bassins portuaires et le canal ont fait l'objet d'études spécifiques, par modèles mathématiques, pour obtenir et garantir, en permanence, une bonne qualité des eaux dans toutes les zones.

Grâce à 3 points d'injection d'eau de mer prélevée au large, débitant chacun 500 litres/seconde dans les bassins portuaires et d'un point d'injection débitant 1 000 litres/seconde dans le canal, la totalité du volume d'eau du Port pourrait être renouvelée toutes les 72 heures.

Ce dispositif de renouvellement des eaux est complété de deux agitateurs submersibles dont l'un est disposé à la sortie du canal et d'une buse d'avivement de diamètre 1 000 situé sous le terre-plein de la Capitainerie et du chantier naval, mettant le bassin sud directement en communication avec la passe d'entrée.